Ο Α.Π.Σ. Δόξα Αγίου Παύλου ιδρύθηκε το 1980 στη Θεσσαλονίκη. Προήλθε από τη συγχώνευση 2 ανεξάρτητων ομάδων εκείνης της εποχής, της Δόξας και του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Πρωτεργάτης εκείνης της προσπάθειας ήταν ο Δημήτρης Λιούφας. Πρώτοι παράγοντες εκείνης της ομάδας ήταν οι: Θανάσης Μποζίνης, Θανάσης Αϊβατζής, Χαράλαμπος Ξανθόπουλος, Κώστας Βορδώνης, Λεωνίδας Ευαγγέλου, και άλλοι, ενώ οι αδελφοί Μηλιάδη ήταν ταυτόχρονα παίκτες και παράγοντες της ομάδας. Το 2007 απέκτησε τη σημερινή της ονομασία, αφού μέχρι τότε λεγόταν Α.Π.Σ. Δόξα Θεσσαλονίκης. Σήμερα, η ομάδα έχει μόνο ανδρικό ποδοσφαιρικό τμήμα, ενώ παλαιότερα υπήρχαν και παιδικά τμήματα ποδοσφαίρου, τμήματα βόλλεϊ ανδρών και γυναικών όλων των ηλικιών και τμήμα μπάσκετ. Η ομάδα αγωνίζεται στην Α' κατηγορία της Ε.Π.Σ. Μακεδονίας.
