Ο Μαραθώνας είναι ακόμα μία από τις ιστορικότερες ομάδες της πόλης η οποία συνεχίζει και αγωνίζεται ακόμα στα πρωταθλήματα της ΕΠΣΜ. Θα δημιουργηθεί το 1926 στην περιοχή Κουρί της Καλαμαριάς από πρόσφυγες οι οποίοι είχαν έρθει από το αντίστοιχο Κουρί της Μικράς Ασίας.
Εκείνη την περίοδο θα υπάρξει ακόμα μία ομάδα με το όνομα Μαραθών η οποία όμως ήταν από την περιοχή της Θεσσαλονίκης και δεν θα πρέπει να συγχέεται με αυτή της Καλαμαριάς. Στους πρώτους φιλικούς αγώνες που θα δώσει θα υπάρξει μια αντιπαλότητα με την αντίστοιχη ομάδα του Απόλλωνα Καλαμαριάς κυρίως λόγω των διαφορών που είχαν οι πρόσφυγες από τα παράλια, όπως αυτοι από το Κουρί με αυτούς από τον Πόντο, δηλαδή την ομάδα του Απόλλωνα. Άλλες ομάδες από την Καλαμαριά εκείνη την περίοδο ήταν η Νέα Γενεά Καλαμαριάς (Ποντιακή Ένωση αργότερα) που θα λάβει πρώτη μέρος στα πρωταθλήματα το 1926 και ο Ομίλος Κατιρλι.
Ο Μαραθώνας μετά τα πρώτα φιλικά θα πάρει μέρος στο Πρωτάθλημα των Ανεπισήμων του 1926-27 όπου θα βρεθεί στην τελική φάση μαζί με Ερμή Παπάφη και τον Μακεδονικό Αστήρ αλλά δεν θα μπορέσει να αγωνιστεί διότι αρκέτοι παίκτες του είχαν παεί φαντάροι. Τελικά το 1929-30 θα πάρει μέρος στα επίσημα πρωταθλήματα της ΕΠΣΜ, στον Α’ Όμιλο της Γ’ Κατηγορίας. Στη Γ’ Κατηγορία θα παίξει για 4 χρόνια χωρίς να μπορέσει να κερδίσει την άνοδο του στη δεύτερη κατηγορία. Θα αποχωρήσει από τα πρωταθλήματα το 1993 όπως έγινε με αρκετές ομάδες εκείνα τα χρόνια για να επιστρέψει πριν τον πόλεμο, όπου θα αγωνιστεί για 2 χρονιές (στη Γ’ Κατηγορία όπως και πριν). Με την επιστροφή των πρωταθλημάτων μετά τον πόλεμο, το 1945-46, θα βρεθεί ξανά στη Γ Κατηγορία, όπου θα κερδίσει τον τίτλο (σημ: συμφωνα με αυτα τα οποία έχουμε βρεί μέχρι στιγμής το πρωτάθλημα εκείνης της χρονιάς θα έπρεπε να το κερδίσει ο ΠΟΞ αλλά για κάποιο λόγο τον οποίο δε γνωρίζουμε ακόμα, το πρωτάθλημα δώθηκε στον Μαραθώνα). Στη Β’ Κατηγορία θα μείνει 2 χρόνια, όπως θα γίνει και για δύο χρονιές τη δεκαετία 
του ’50 (1953-54, 54-55) αλλά γενικά η πορεία του Μαραθώνα θα είναι στη Γ’ Κατηγορία μέχρι τη δημιουργία της Α’ Εθνικης και την μεταφορά των μεγάλων ομάδων της πόλης εκτος κατηγοριών της ΕΠΣΜ. Από το ’60 και μετά η ομάδα θα βρίσκεται στη Β’ Κατηγορία μέχρι το 1975-76 όπου και θα κερδίσει την άνοδο του στην Α’ Κατηγορία.
Έκτοτε και για τα επόμενα 25 χρόνια θα αγωνιστεί στην Α’ Κατηγορία, εκτός 2 χρονιών (1984-85 και 1993-94) μέχρι την δημιουργία της Α1 το 2000. Με την δημιουργία της Α1 και τις ανακατατάξεις στις ομάδες και στις κατηγορίες, η ομάδα του Μαραθώνα θα βρεθεί στην Α’ Κατηγορία (στη δεύτερη στην τάξη κατηγορία) και θα μπορέσει να πάρει την άνοδο στην Α1 τρεις φορές, για μία χρονιά μόνο πριν υποβιβαστεί στην Α’ Κατηγορία ευθής αμέσως και τις τρείς φορές. Εκτός των τριών αυτών αγωνιστικών χρονιών που έπαιξε στην Α1, ο Μαραθώνας το 2005-06 θα υποβιβαστει για μία χρονιά στη Β’ Κατηγορία, όπου και θα κερδισει τον τίτλο του ομίλου του. Έξι χρόνια αργότερα σε μία από τις ανόδους του στην Α1, η άνοδος θα συνοδευτεί με τίτλο Α Κατηγορίας, όπως είχε γίνει το 1993-94 από την Β’ στην Α’ Κατηγορία.
Ο Μαραθώνας αξιζει να σημειώσουμε ότι έχει κατακτήσει και ένα Κύπελλο ΕΠΣΜ, οταν τον Φλεβάρη του 1980 έιχε νικήσει τον Φοίνικα Πολίχνης, στο γήπεδο του Καυταντζογλείου με 1-0 στην παράταση με γκόλ του Γλώσση στο ’99 της αναμέτρησης.
Το 2017, ο Μαραθώνας όπως αρκετές ομάδες θα κατεβάσει στα πρωταθλήματα της ΕΠΣΜ την ομάδα των Ακαδημιών του, με την ονομασία Μαραθών Υποδομή 1926.
ΤΙΤΛΟΙ
Β ΕΠΣΜ: 1985, 1994, 2012* (στην ουσια τριτη κατηγορια λογω Α1)
Γ ΕΠΣΜ: 1946, 1953, 2006* (στην ουσια τέταρτη κατηγορια λογω Α1)
Κυπελλο ΕΠΣΜ: 1980
ΧΡΟΝΙΕΣ
1929-30 Γ ΕΠΣΜ 5αγ 1-0-3 (6-8) *λείπει ένας αγώνας
1930-31 Γ ΕΠΣΜ 4αγ 1-0-1 (1-3) *λείπουν δύο αγώνες
1931-32 Γ ΕΠΣΜ 5αγ 1-1-1 (5-4) *λείπουν δύο αγώνες
1932-33 Γ ΕΠΣΜ
1933-34 (δεν συμμετείχε)
1934-35 (δεν συμμετείχε)
1935-36 (δεν συμμετείχε)
1936-37 (δεν συμμετείχε)
1937-38 (δεν συμμετείχε)
1938-39 Γ ΕΠΣΜ
1939-40 Γ ΕΠΣΜ
1945-46 Γ ΕΠΣΜ
1946-47 Β ΕΠΣΜ
1947-48 Β ΕΠΣΜ
1948-49 Γ ΕΠΣΜ
1949-50 Γ ΕΠΣΜ
1950-51 Γ ΕΠΣΜ
1951-52 Γ ΕΠΣΜ
1952-53 Γ ΕΠΣΜ
1953-54 Β ΕΠΣΜ
1954-55 Β ΕΠΣΜ
1955-56 Γ ΕΠΣΜ
1956-57 Γ ΕΠΣΜ
1957-58 Γ ΕΠΣΜ
1958-59 Γ ΕΠΣΜ
1959-60 Γ ΕΠΣΜ
1960-61 Β1 ΕΠΣΜ
1961-62 Β ΕΠΣΜ
1962-63 Β ΕΠΣΜ
1963-64 Β ΕΠΣΜ
1964-65 Β ΕΠΣΜ
1965-66 Β ΕΠΣΜ
1966-67 Β ΕΠΣΜ
1967-68 Β ΕΠΣΜ
1968-69 Β ΕΠΣΜ
1969-70 Β ΕΠΣΜ
1970-71 Β ΕΠΣΜ
1971-72 Β ΕΠΣΜ
1972-73 Β ΕΠΣΜ
1973-74 Β ΕΠΣΜ
1974-75 Β ΕΠΣΜ
1975-76 Α ΕΠΣΜ
1976-77 Α ΕΠΣΜ
1977-78 Α ΕΠΣΜ
1978-79 Α ΕΠΣΜ
1979-80 Α ΕΠΣΜ
1980-81 Α ΕΠΣΜ
1981-82 Α ΕΠΣΜ
1982-83 Α ΕΠΣΜ
1983-84 Α ΕΠΣΜ
1984-85 Β ΕΠΣΜ
1985-86 Α ΕΠΣΜ
1986-87 Α ΕΠΣΜ
1987-88 Α ΕΠΣΜ
1988-89 Α ΕΠΣΜ
1989-90 Α ΕΠΣΜ
1990-91 Α ΕΠΣΜ
1991-92 Α ΕΠΣΜ
1992-93 Α ΕΠΣΜ
1993-94 Β ΕΠΣΜ
1994-95 Α ΕΠΣΜ
1995-96 Α ΕΠΣΜ
1996-97 Α ΕΠΣΜ
1997-98 Α ΕΠΣΜ
1998-99 Α ΕΠΣΜ
1999-00 Α ΕΠΣΜ
………………………………………….δημιουργια της Α1
2000-01 Α ΕΠΣΜ 26αγων 11-3-12 (56-57)
2001-02 Α ΕΠΣΜ
2002-03 Α1 ΕΠΣΜ
2003-04 Α ΕΠΣΜ
2004-05 Α ΕΠΣΜ
2005-06 Β ΕΠΣΜ
2006-07 Α ΕΠΣΜ
2007-08 Α ΕΠΣΜ
2008-09 Α ΕΠΣΜ
2009-10 Α ΕΠΣΜ
2010-11 Α ΕΠΣΜ
2011-12 Α ΕΠΣΜ
2012-13 Α1 ΕΠΣΜ
2013-14 Α ΕΠΣΜ
2014-15 Α ΕΠΣΜ
2015-16 Α ΕΠΣΜ 28αγων
2016-17 Α ΕΠΣΜ 30αγων 19-6-5 (45-29)
2017-18 Α ΕΠΣΜ 26αγων 15-7-4 (51-27)
2018-19 Α1 ΕΠΣΜ 30αγων 8-4-18 (33-52)
2019-20 Α ΕΠΣΜ 22αγων 15-3-4 (50-31)
πηγή: staxera.wordpress.com
